高美濕地近年已成為國內外著名景點，但周邊沖水與公廁等硬體設備不佳，永續利用區入口處的雜草太高，不僅影響視線，更有蛇類出沒，水質也有待檢測，有待改善的問題不勝枚舉 。

高美濕地除了硬體設備與道路動線不佳，當地民眾與巡守隊員反映，永續利用區入口處一帶的雜草實在太高，不僅影響視線，更有蛇類動物出沒，許多民眾抱怨雜草亂竄把高美濕地弄醜了。
另外，有遊客指出，到高美濕地戲水踏浪遊客眾多，水質應該定期檢測，以防有遊客腳受傷，傷口遭到海水病菌感染。沖水以及廁所等問題，也要徹底改善，才能提升濕地整體旅遊品質。
市議員楊典忠表示，究竟高美濕地的環境整理與維護應該是市政府哪個單位負責？恐怕連市長自己都搞不清楚，市長去年請副秘書長成立「高美濕地保護區及周邊環境管理工作小組」，而且保證每六個月盯進度，希望市長說到做到。
旅客服務中心還得等兩年
市府副秘書長陳良義表示，高美濕地多為「老問題」，需要時間解決，各單位會依權責辦理。例如解說島雜草叢生問題，農業局已辦理發包，公廁及停車位與交通動線等硬體建設部分的問題，只要高美濕地旅客服務中心及五十米聯外道路完成，即可迎刃而解。
建設局長沐桂新表示，高美濕地旅客服務中心及五十米聯外道路，目前皆已進入細部規劃階段，未來將召開說明會，預計年底即可發包，兩年內完工。